A vassoura-de-bruxa é a principal doença do cupuaçuzeiro, capaz de reduzir a produção de frutos em até setenta por cento. Esta grave doença é causada pelo fungo Moniliófitora perniciosa, o mesmo que ataca plantações de cacau, árvore da família do cupuaçu. Esse fungo é disseminado pelo vento e ataca tanto mudas no viveiro como plantas no campo.
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